ユウェヤーワータ3ボス、トラルヴィドラールに人の魂を入れる実験を行って失敗したものだと思われます。
そして、実験にあたって使われた魂は、おそらくはグルージャの母であるテーシャジャのものでしょう。

IDクリア直後のムービーで光の戦士は過去視で3ボス関連の事情を見ています。
この過去視が3ボスの記憶だとすれば、あの場にいた人間（ゾラージャ、カニロッカ所長、テーシャジャ）の中で3ボスに魂を注入されておかしくないのは消去法でテーシャジャとなります。

ですが、「場のエーテル」から過去を読み取るという形で過去視が発動する可能性もあります。
このパターンだった場合は、テーシャジャに限定することはできません。
ただ、話の流れから見て、いまわの際の3ボスの過去を読み取ったと解釈したほうが自然ではあるので、「おそらくは」とつけた上で、「3ボスに入れられたのはテーシャジャの魂」であるだろうとしておきます。

さてカフキワさんですが、「永久人になっている」こと、「レギュレーター着用のエレンヴィルの知り合いから彼女の記憶が消えている」ことを考えあわせると、「レギュレーターを着けた状態で死亡し、オリジェニクスで記憶と魂を分離され、記憶は保管されている」と考えるのが妥当です。
記憶はリビングメモリーに送られて管理されているわけですが、記憶を分離された後の魂資源と肉体がどうなったかは不明です。

では、トラルヴィドラールがカフキワさんの要素を感じさせる姿だった理由はなぜなのか。
人間に魔物の魂を注入すると、魔物の力と姿を得ることができます。
これと同じく、人間の魂資源を注入された魔物は、人間側の特質を獲得する可能性があるのかもしれない。

3ボスの体にテーシャジャの魂（記憶未分離）を注入し、人間の意識を持たせることでトラルヴィドラールをコントロールしようとした。
だが、3ボスは制御不能だった。
そこで、人間の魂資源を注入することによってテーシャジャの魂を強化できないだろうかとの発想から、カフキワ由来の魂資源が注入された。
魂蝕症の治療に「濃い魂」が使えるように、「とびきり濃い魂」を注入したならば「人」の要素が強化され、何らかの効果が得られるのではないか。
3ボスはカフキワの要素を取り込みはしたものの、やはり制御不能のままだった。
実験は失敗に終わったと判断、3ボスは再封印された。
トラルヴィドラールの兵器化を断念し、ユウェヤーワータは放棄された。

今明かされている情報から、そこそこ筋の通った話を組み立てようとするなら、こんなところになるでしょうか。
不確定な要素が多いので、あくまでただの想像です。